Bis einschließlich 1998 konnten die Steuerbürger an das Finanzamt gezahlte Nachzahlungszinsen als Sonderausgaben abziehen. Diese Möglichkeit ist mit Wirkung ab 1999 entfallen. Geblieben ist allerdings die Regelung, dass Erstattungszinsen des Finanzamts an die Steuerbürger zu versteuern sind.
Im Jahr 2010 hatte der Bundesfinanzhof entschieden, dass Erstattungszinsen nicht zu versteuern sind, wenn die zu Grunde liegende Steuer nicht abziehbar ist. Da das Einkommensteuergesetz einen Abzug der Einkommensteuer bei der Einkünfteermittlung verbietet, unterliegen die Zinsen auf Einkommensteuererstattungen nicht der Einkommensteuer. Durch das Jahressteuergesetz 2010 wurde die Besteuerung rückwirkend angeordnet. Darüber wird der Bundesfinanzhof erneut zu entscheiden haben.
Im Gegensatz zu den obigen Entscheidungen hält es das oberste deutsche Steuergericht für richtig, dass Nachzahlungszinsen nicht die Bemessungsgrundlage für die Körperschaftsteuer einer Kapitalgesellschaft mindern und Erstattungszinsen das Einkommen der Kapitalgesellschaften erhöhen, weil diese über keine außerbetriebliche Sphäre verfügen.